食品配料包装生产线系统中工艺管线能产生的湍流流速不能低于1.5～2 m/s，雷诺系数在实际操作中应控制在3 000～9 000之间；系统中平行安装的工艺管线要有一定的坡度，并尽量减少长度；罐体上不得加装不易清洁灭菌的液位计，应采用计量精i确的称重系统进行计量；用可以进行CIP/SIP的防爆膜来替代不易清洁的安全阀。
食品配料包装生产线BFS无菌灌装生产线的BFS机器必须“黑白分区”安装，吹、灌、封部分按《规范》要求安装在C级洁净区，辅机部分安装在普通生产区。实施无菌工艺（生产非终灭菌产品）时，按无菌工艺要求应在BFS机器的灌装区上方要加装Ai级层流保护（有的设备自带层流保护）；机载风淋室应设计成在Ai级层流下取风的方式。在设计灌装间的风量、压差时要充分考虑产品通道、排烟风机造成的压差和风量损耗。BFS机器CIP/SIP用水的排放口要设在普通生产区的辅机间，并加装空气阻隔、消除背压的装置。
食品配料包装生产线为避免 SIP蒸气，CIP生活用水及缩小乙i炔气体汽体废水处理全部全过程中造成 的“背压”导致系统环境污染，无菌检测检验配制系统和BFS设备要有分别单独的废水处理系统。平置的排水管道安裝倾斜度不可以低于3‰，并在总污水口改裝具备乙i炔气体隔绝作用的排尽设备，清除系统背压造成 的不良影响。