太阳能屋顶由于太阳电池组件和逆变器比较昂贵，为避免因雷击和浪涌而造成的经济损失，有效的防雷和电涌保护是不可少的。雷电对交大蓝天光伏发电系统的危害方式有直击雷、雷电感应和雷电波侵入三种。太阳能屋顶光伏电站的防雷分为直接雷击保护和感应防雷两部分。光伏发电系统在设计防雷系统时，从太阳电池阵列的输入端至用户，针对直接雷击和感应雷击采取必要的防雷措施，从而为屋顶光伏发电站的安全、稳定运行提供重要保证。
太阳能屋顶电站建设前应注意阴影分析在光伏电站建设之前，我们必须做好前期调查工作，确定高压线、栏杆、植被和现有建筑物（也应提前规划建筑物）周围是否会有屏蔽。我们应该设法解决屏蔽并改变安装位置。勘察安装时应充分考虑植物的生长年份，考虑树荫、枝叶是否遮挡。此外，地形差异应考虑组件的南北和东西方向组件是否会产生阴影遮挡；同一排方阵的不同子阵高度是否会产生阴影遮挡；同时还应考虑楼层之间的阴影。
太阳能屋顶能源互联及多能互补的微电网趋势。光伏发电和生物质等其他可再生能源、储能互补发电,形成既可并网、又可孤网运行的微型电网,既适用于边远农牧区、海岛供电,也适合联网运行作为电网可控发电单元。