紫外线杀菌器浸没式又称为水中照射法。将外加同心圆石英套管的紫外灯置入水中，水从石英套管的周围流过，当灯管(组)需要更换时，使用提升设备将其抬高至工作面进行操作。该方式构造比较复杂，但紫外辐射能的利用率果好且易于维修。
紫外线杀菌器为保证系统消毒性能不受结垢的影响，在剂量计算时需考虑结垢系数。结垢系数一般与灯管的清洗方式有关。
紫外线杀菌器在剂量计算时必须计入灯管的老化系数，而不能单考虑厂家对紫外灯管的保证寿命，目前市场上大多数的紫外灯管的老化系数在 50% 左右，个别厂家的灯管老化系数可达 80%左右。根据NWRI紫外协议规定紫外消毒系统灯管老化系数为0.5。
