自动配料包装生产线BFS无菌灌装生产线的无菌配制系统，是BFS无菌灌装工艺的重要组成部分。为满足工艺多样性的需求，应该设计成一个既可以和BFS机器一起，又可以分开独立进行CIP/SIP的系统，并可以根据工艺需要设计成自动和手工操作。要科学合理地设置生产工艺过程中各项监控数据的采集点和采集方式，并通过验证来证实各项数据的真实性和完整性。
自动配料包装生产线由于BFS机器的特殊性（灌装量控制采用时间/压力法），为保证BFS无菌灌装生产线CIP/SIP的效果和灌装精度，物料输送建议不要采用不易清洗灭菌的输液泵，应采用洁净的压缩气体做物料输送动力。罐内的搅拌器应采用可保证CIP/SIP效果的悬浮式磁力搅拌器；罐内的清洗球应采用清洗效果较好的360度强力清洗球。
自动配料包装生产线在确保无菌检测检验配制工艺的高i效率性，避免 安全风险的造成 ，确保工艺全部全过程中各种各样主要参数的真实有效、一致性，在配制间应设立在线检测系统（数据信息能够传送到BFS设备电子计算机系统中存储），对全部加工过程的温度、工作压力、计量检定及pH值等工艺主要参数开展在网上动态性检测。