粮食干燥机烘后粮食的温度很高，需要冷却后才能入仓储存。烘干机设有冷却段，冷风机负责向冷风段内提供冷空气，采用逆流冷却方式对烘后粮进行降温。烘干机在冷却过程中，冷空气先接触下部的低温粮食，在向上运行的同时吸收粮食中的热量，冷空气温度逐渐升高，这样可避免冷风与上层热粮接触时粮食的急剧冷却，逆流冷却既可以提高冷却段的冷却效果，还可以保护粮食的品质不受影响。
粮食干燥机烘干小麦、玉米每小时降水1-3%，热风温度越高烘干时间越短，温度越低时间越长，所以有差别。比如玉米含水25%，要降到安全水分13%，降水12%，热风温度120度时烘干时间要3-4小时。温度低烘干时间长，温度高烘干时间短，但是要保证粮食烘干安全与品质不能因温度过高造成糊粒。
粮食干燥机是粮食产后处理过程中的重要一环，是否能够及时有效地将粮食烘干，关系到粮食丰收和农民增收。每年，我国粮食因天气原因导致来不及晒干或未达到安全水分造成的霉变、发芽等损失高达总产量5%，而其中因霉变造成的粮食产后损失高达2100万吨，占粮食总产量的4.2%，如果能够及时使用粮食烘干机将粮食进行干燥，就可以大限度的减少储粮损失。