独杆黄杨发病前或发病初期，首先选择2%BO10乳剂100倍液、2%农抗120水剂100倍液等生物喷雾，生物低毒，病菌不容易产生;其次采用化学：15%粉锈宁可湿1 000倍液、或70%托布津可湿性1 000倍液、或65%百菌清可湿性600倍液，或25%的十三乳油1 000倍液，每隔7~10天喷1次，注意交替用药，连喷2~3次即可。
独杆黄杨早春、冬季结合修剪及时剪除病枝、病芽、病叶和病梢。初期病叶应及早摘除。冬季休眠期防治：修剪后休眠期喷洒2~3波美度的石硫合剂。消灭病株上的越冬菌丝。温室内，夜间将涂在电炉子或取暖设备上任其挥发进行防治，使用的适宜温度为15~30℃。
提高独杆黄杨。选用抗病品种，如白金、女神等。少施氮肥，增施磷钾肥，提高寄主植物的抗病。