食品生产许可证小作坊食品生产许可证办理主要有以下几方面困难：1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.以上就是小作坊食品生产许可证办理方面的问题，对比一般食品生产厂商可能具有一定的难点，请人员来协助办理，才好少走弯路，节省时间。
食品生产许可证食品经营许可证申请的主体想要申请食品经营许可，首先要取得合法的主体资格，例如获得营业执照、法人登记证或者获得社会团体登记证。食品经营许可具体审查条件，各类食品经营单位的具体审查标准可以参考《深圳市食品经营许可审查标准(试行)》；申请人5年内不得有被吊销经营许可证的情况。同理，被吊销食品经营许可证的法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员从处罚决定之日起，5年内不得申请食品经营许可。隐瞒实情获得食品经营许可的，将在1年内不能申请。被许可人以欺骗、等不当方式获得许可的，被许可人3年内不能再次申请。
食品生产许可证根据《中华共和国食品安全法》、《中华共和国行政许可法》、食品品监督管理总局《食品经营许可管理办法》、《食品经营许可审查通则（试行）》等有关规定：食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂三种主体都应当取得《食品经营许可证》。