因为蚊香的成份不一样，燃烧的烟中产生的有害气体也不同，其中超细微粒(直径小于2.5微米的颗粒物质)是很常见的，这种超细微粒可以被人体吸入，并影响人的呼吸道。
蚊香中含有有机磷类，氨基甲酸酯类，菊酯类等物质，其中敌百虫，害虫敌等有机磷类的蚊香毒性大，燃烧后会产生有害气体，劣质蚊香会引发呼吸道疾病，严重的还会导致中毒。
传统蚊香烟雾中含有细颗粒物、多环芳香烃、羰基化合物和苯，虽然可能对人体产生威胁，鉴于含量小，合理使用基本无害。需要注意的是，蚊香的烟雾可能导致过敏反应，诱发哮喘发作，有这类疾病者应慎用。