晋中次氯酸钠在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死，从而杀掉病原微生物。
晋中次氯酸钠的消毒作用温和持久，对组织刺激性和受有机物影响小。0。5%〜1%溶液，用于食 槽、器皿消毒；3%溶液，用于排泄物与分泌物消毒；0。 1%〜0。2%溶液用于黏膜冲洗；1%〜2%溶液，用于创伤 消毒；饮水消毒，每立方米水用2〜4毫克。与等量铵盐合用，可显著增强消毒作用。
晋中次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性而死。