腐植酸生物有机肥与化肥随配随用，勿于碱性物质混用。溶解过程有微量草介质属于正常，因含腐植酸微生物。滴灌、冲施、机施需离根部40-50厘米处，以免影响作物吸收，所有植物吸收养份、依靠须根。
腐植酸生物有机肥如果用作冲施或叶面喷施，建议选择含腐植酸或含黄腐酸的水溶肥，这类肥料虽然价格较高，但快，效果好，所以多用于价值较高的经济作物。虽然腐植酸在作物全生育期都能使用，但出于经济考虑，可以在作物移栽后、花前、膨大、转色4个关键时期各冲施1～2次，膨大期和转色期结合喷施效果会更好。
腐植酸生物有机肥作基肥、种肥比作追肥好,集中施比撒施好，深施比浅施好。同时腐肥不能完全替代无机肥和农家肥，必须配合化肥、有机肥料施用，尤其与磷肥配合使用效果更好。