水族馆鱼缸按情况定期换水，换水前必须先将相应电源切断，以免调水温系统损坏，盐度与原海水相同;滤材定期清洗，如不及时清洗，滤材会堵塞而导致过滤能力的下降而影响水质。
水族馆鱼缸家里的小鱼缸，没有过滤系统，水质容易变坏，建议2~3天换一次水，每次换水1/3到1/4，不能直接用自来水，要把自来水在阳台上晾2天左右才能用。如果有过滤系统可以一周一次，鱼缸大的话还可以降低换水频率。
水族馆鱼缸物理性混浊：缸内颗粒性杂质过多引起的水体混浊叫做物理性混浊。一般开缸初期由于使用的是新滤材，其脱落的大量的颗粒性杂质和短小纤维等异物会造成了水体混浊。不过这种混浊并不可怕，通过几天的过滤就能将大部分的杂质过滤掉。