数控深孔枪钻设备被加工的工件由主轴箱和集屑器的锥顶盘顶紧，钻头由钻杆箱带动高速旋转实现切削运动，伺服电机带动滚珠丝杠推动钻杆箱实现进给运动，授油器将高压冷却油由钻头的尾部注入，从钻头的内孔直达工件的切削部位，钻屑由冷却液沿钻头的导屑槽冲到集屑器，进入集屑斗，冷却液经滤纸和磁过滤后回到油箱继续使用。
数控深孔枪钻设备装夹刀具时，须先将旋转夹头里的灰尘及杂物清理干净，把卡头装入压帽内并放正，再一起装到电机主轴上并将刀具插入卡头，然后再销紧压帽。上下刀松紧压帽的时候严禁采用推拉方式而须用旋转方式。下刀时应先清理压帽和转上的废屑，松开压帽将刀具拿下再拧下压帽拿出卡头。
数控深孔枪钻设备加工过程中，注意观察后部磁排屑机出屑情况，以做及时判断。因为整个加工状态为封闭式，可根据铁屑状态对切削参数做出及时调整。