机加钻头外径尺寸设计值偏大或铰切削刃口有毛刺；切削速度过高；进给量不当或加工余量过大就会导致铰刀主偏角过大；铰刀弯曲；铰切削刃口上粘附着切屑瘤；刃磨时铰切削刃口摆差超差；切削液选择不合适；机加钻头安装铰刀时锥柄表面油污未擦干净或锥面有磕碰伤；锥柄的扁尾偏位装入机床主轴后锥柄圆锥干涉；主轴弯曲或主轴轴承过松或损坏；铰刀浮动不灵活；与工件不同轴以及手铰孔时两手用力不均匀，使铰刀左右晃动。
在深孔加工过程中，不能直接观察到机加钻头的切削情况，只能凭工作经验听切削时的声音、看切屑、手摸振动与工件温度、观仪表，来判断切削过程是否正常。
机加钻头刀杆受孔径的限制，直径小，长度大，造成刚性差，强度低，切削时就很容易产生振动、波纹、锥度，从而影响深孔的直线度和表面粗糙度。