肠胃镜操作时，要合理地使用注气、注水及吸引按钮。在胃潴留 量较多且较污浊时，使用吸引器，应同时注气、注水，否则因连续吸引，胃内负压较大，污物逆流注气注水管道而引起堵塞现象。若注气注水按钮及吸引按钮不能顺滑地操作时，要进行清洗，再涂润滑油。
要使肠胃镜内镜延长寿命，减少维修费用，漏水测定十分关键。 将漏水检测器的端头插入光源的输出插座或保养装置上,把空气开关打开并确认有空气放出，将漏水检测安装在防水盖的通气盖上，观察弯曲部橡皮管有无膨胀。测漏时，务必把整条镜子放入水中。
为避免交叉感i染，廷长肠胃镜内镜使用率，一定要按要求，必须使用消毒剂。消毒之前，首先要对内镜进行完全清洁，清除粘附于镜的微生物与有机物质，以免影响消毒效果。