策划和组织阶段 （ 1） 制定农业清洁生产工作计划； （ 2） 开展宣传教育， 普及清洁生产知识； （ 3） 确定清洁生产审核重点和目标； （ 4） 组织、 实施清洁生产审核并及时向领导汇报实施情况； （ 5） 收集和筛选清洁生产方案并组织实施； （ 6） 编写清洁生产审核报告； （ 7） 总结经验，制定企业持续清洁生产计划。
持续农业清洁生产阶段就是方案真正实施后，如何让清洁生产得以在企业长期、持续性推行的阶段。这里拜恩工程师建议可以从四个方面入手，即建立和完善清洁生产组织、清洁生产管理制定、制定持续性清洁生产计划、及时总结、编织清洁生产评估报告。
在方案筛选过程中，对于投资少的无/低费方案继续实施。并与末端治理效果表进行列表比较，同时向职工宣传实施效果，调动广大员工参与清洁生产的积极性。至此，我们还要编报农业清洁生产方案的中期报告。