微波亚麻籽烘烤设备选择时要在设备价格方面进行选择：购买微波烘烤设备时要考虑性价问题，从设备的性能、配置还有质量等多方面考虑。
微波亚麻籽烘烤设备选择时要在从冷却方式方面选择：由于在工作时微波源及其变压器会产生高温，要保障其正常的工作和寿命就需要对这些器件加以温度控制(也就是冷却、降温)。
微波亚麻籽烘烤设备在选择时要留意，好的设备变压器都是采用国外进口的工业级变压器，其自身就能保证工作温度在比较好的状态时达到一个平恒，故不需其它方式的强制冷却，微波源是在总结了先前强制风冷缺点的基础上开发的水冷方式。