内窥镜软镜使用后应当立即用湿纱布擦去外表面污物，并反复送气与送水至少10秒钟；再用吸引通道反复吸清水或清洗液，直到流人吸引瓶的水干净为止；后取下内镜，拆下各种附件，并装好防水盖，置合适的容器中送清洗消毒室。
医生用活检钳、异物钳时应特别小心，进出钳子通道时应闭合钳子，否则张开的钳头很容易拉伤内窥镜软镜内壁，从而造成进水故障。
光学成像的关键部件可拆卸，镜体和工作通道等设计成可更换配件，光源光纤和视频光纤可分别插入视频和光源通道，通道远端有玻片覆盖，不直接与患者接触，保证无菌要求。一定程度上解决了输尿管软镜主件易损坏的难题，降低维修费用，缩短维修周期，利于内窥镜软镜技术的推广。