小麦烘干塔烘后粮食的温度很高，需要冷却后才能入仓储存。烘干机设有冷却段，冷风机负责向冷风段内提供冷空气，采用逆流冷却方式对烘后粮进行降温。烘干机在冷却过程中，冷空气先接触下部的低温粮食，在向上运行的同时吸收粮食中的热量，冷空气温度逐渐升高，这样可避免冷风与上层热粮接触时粮食的急剧冷却，逆流冷却既可以提高冷却段的冷却效果，还可以保护粮食的品质不受影响。
小麦烘干塔罕见的故障有塔体和排粮机构发作梗塞，这种事变能够会引起重大效果，假如不及时清除，有能够会形成食粮焦糊，甚至酿成火灾。粮粒变色和着火事变的重要起因是粮粒在塔体内部分梗塞、食粮流通不畅、进粮时只要一个进粮点，引起食粮主动分级等。
小麦烘干塔发作漏气、跑灰景象，这是管道衔接处不密封，除尘装备生效所致，在塔体内顶部枯燥介质漏出，则是因为顶层角状管外露所引起，这时进粮速度低于排粮速度，碰到上述状况，要仔细查明起因，及时解决；增强密封任务或调剂进粮速度。