支气管镜每次应用后，立即用湿纱布轻轻擦去插入管外表面污物，然后将纤维支气管镜的先端放入清洁液中，通过管道吸引 5 ～ 10 s，轮流吸引清洁液和空气数次，达到更好的初步清洁效果。拆下吸引控制阀、活检入口阀，用清洁毛刷完全刷洗活检孔道和吸引管道，刷洗时必须两端见刷头，并洗净刷头上的污物。要确保凹进部分用所附或类似的清洁刷刷洗干净。然后装好防水盖，在流动水下完全冲洗，用纱布反复擦洗镜身。
支气管镜每月对内镜采样作病原微生物培养监测一次，并记录，内镜室内应定期消毒每周至少2次。
支气管镜检查结束后，立即将纤维支气管镜的插入部侵入软肥皂水中，用纱布擦洗，清除内镜及活检橡皮盖表面的粘液和血迹。