安捷伦分子泵所抽的气体如果含有较多的可凝性气体（如水汽，有ji溶剂等），高浓度的氧气、腐蚀性气体，或者粉尘等，需要增配吹扫阀（PurgeValve），工作过程中利用吹扫气（一般为干燥氮气）持续对轴承进行吹扫，以达到隔离污染物，保护轴承的目的。
安捷伦分子泵是一种高真空泵，它必须配合合适的并且性能良好的前级泵才可以正常工作；除了在选型时尽量选择推荐的前级泵之外，分子泵使用时也要注意监测其排气口的压力，避免因前级泵性能下降而使分子泵排气压力过高，造成负荷过大，泵温过高等。
油性棉花污染建议在3-4年内更换安捷伦分子泵油棉。复合轴承分子泵的内部陶瓷轴承采用油润滑，可以冷却轴承，减少轴承球的磨损和清洁分子泵轴承。有效地延长了分子泵的预定。