卧式数控深孔钻，深孔加工操作关键：主轴和刀具导向套、刀杆支撑套、工件支承套等中心线的同轴度应符合要求；切削液体系应疏通正常；工件的加工端面上不应有中心孔，并防止在斜面上钻孔；切屑形状应坚持正常，防止生成直带状切屑；选用较高速度加工通孔，当钻头行将钻透时，应降速或停机以防损坏钻头。
卧式数控深孔钻，数控深孔钻床经过反复试验，1个深孔加工动作宜采用“三级加工法”：定位钻削、导向钻削及正常钻削，称为“三级钻孔技术”。三级钻孔需要根据不同的钻孔深度采用不同的切削速度，目前机床自带的数控钻孔指令只能完成1个钻孔深度和1个切削速度。
卧式数控深孔钻，深孔钻头分为焊接式深孔钻头和机加式深孔钻头，深孔钻头都是采用内排屑，机加式深孔钻头的刀片是可以互换的，机加式深孔钻头的刀体可以持久使用，刀片可以换下。