FGD系统设有旁路烟道，内设旁路挡板门，当FGD系统检修、维护或烟气工况异常时烟气由旁路烟道直接进入烟囱以确保脱硫系统的安全。电厂与脱硫岛之间的隔离和连接是通过烟气系统中烟气挡板门的启闭来实现的，挡板门在保证锅炉及脱硫系统正常稳定运行及系统设备安全方面起着至关重要的作用。
烟气脱硫双层百叶窗式挡板门引进国外先进技术生产制作，脱硫挡板门用于烟气脱硫系统吸收塔进、出口或旁路烟道上，或用于烟气脱硝及烟气除尘系统中，风门通常采用百叶窗式双层挡板结构，关断时双层挡板之间通入密封风，实现隔离关断烟气的作用。
控制FGD主烟道和旁路烟道密封或开启的风门被称作挡板门，在电除尘器后，FGD烟道系统设置的挡板门通常包括进日挡板(原烟气挡板)，旁路挡板和出日挡板(净烟气挡板人FGD系统运行时，旁路挡板门关闭，FGD进出口挡板门打开，当FGD装置发生故障或必须停机维护时，锅炉烟气经由烟道旁路至烟囱排放。为了确保锅炉的安全运行，烟道旁路挡板门一般设计为快开挡板门，快开时间通常要求不超过15S。为提高安全可靠性，有时还在脱硫风机的入口烟道处安装压力开关，一旦压力超高同样要快速打开旁路挡板门，作为保护锅炉安全的第二道防线。