第三方冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。
第三方冷库管理系统具有策略功能，通过灵活设置出入库策略，可以实现智能出入库：如设置了先进先出的出库策略，在出库时，系统就会优先建议人员对先入库的商品进行出库操作，并显示该商品的所在位置；如设置了按ABC分类的上架策略，而在入库上架时，系统就会按照ABC分类原则，给出合适的上架库位建议。除此以外，考虑到租赁型冷库和第三方冷库的服务性，第三方冷库管理系统还实现了货主预约出入库功能。冷库的货主只需登录自己的系统账号进行出入库预约即可减少出入库等待时间。
第三方冷库管理系统的应用场景如下： 1、冷链物流园区、农贸批发市场等交易型冷库。2、农产品等生产加工自用型冷库。3、第三方冷链仓储、配送中心、中央厨房等周转形冷库。