货运代理清关费用包括：1、需要征税费、查验的货物，自接受申报起1日内办结通关的手续费。2、载运进出口货物的各种运输工具进出境或转运，向海关申报，办理海关的手续费。3、进口的过程是整个一批货物所产生的进口关税和进口增值税。4、出口货物的发货人在根据出口合同的规定，按时、按质、按量备齐出口货物后，向运输公司办理租船订舱的运输费，向海关办理报关手续，或委托（代理）报关公司办理报关的手续费。
货运代理货物出口产生的费用主要有以下几方面：1、国内拖车费2、出口报关费3、港建费4、港口操作费、文件费及港杂费5、海运费（或空运费），以海运为例；6、货运保险费；7、目的港清关关税8、目的港港口杂费、舱租柜租等费用9、目的港拖车费及仓储费
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