农用腐植酸原粉的分子量小，活性较高，可以吸附土壤中的有害阳离子，从而降低土壤中盐的浓度，减少盐类对种子和 幼苗的危害，改良盐碱地。腐植酸原粉能增加植物体内酶的活性，增加植物机体的抵抗力。腐植酸原粉参与土壤中离子交换反应，把土壤中的重金属离子吸附固定，防止它们进入生物循环。
农用腐植酸原粉能刺激根系生长，随后导致作物吸收水份和养份的能力大大增强。腐植酸原粉的刺激作用可使植株地上部分营养体生长旺盛。表现在株高、茎粗、叶片厚等；腐植酸原粉对分蘖、减少空秕率有良好的效果，能够增加粮食千粒重，增加粮食产量。
农用腐植酸原粉官能团比较多，既可以和酸结合，又可以和碱结合，能够根据作物需要调节土壤的酸碱度。在作物生长过程中可作为一种有机的催化剂、刺激土壤中有益微观生物的繁殖和生长、提高作物的抵御病虫害的能力。