BF-P40支气管镜消毒时选用杀菌谱广、有效浓度低、性能稳定、易溶于水，对肌体无害及对内镜无损伤的消毒剂，临床常用的为20%的戊i二醛溶液。将内镜侵入消毒液中，操作吸引按钮，连续吸引30s，使消毒液流经境内的全部管道，并浸泡15min, 以达到充分灭菌。
BF-P40支气管镜每次应用后，立即用湿纱布轻轻擦去插入管外表面污物，然后将纤维支气管镜的先端放入清洁液中，通过管道吸引 5 ～ 10 s，轮流吸引清洁液和空气数次，达到更好的初步清洁效果。拆下吸引控制阀、活检入口阀，用清洁毛刷完全刷洗活检孔道和吸引管道，刷洗时必须两端见刷头，并洗净刷头上的污物。要确保凹进部分用所附或类似的清洁刷刷洗干净。然后装好防水盖，在流动水下完全冲洗，用纱布反复擦洗镜身。
BF-P40支气管镜的贮存需选择室内温度、湿度适宜及通风、干燥的地方，避免过冷、过热、潮湿及阳光直射。