策划和组织阶段 （ 1） 制定农业清洁生产工作计划； （ 2） 开展宣传教育， 普及清洁生产知识； （ 3） 确定清洁生产审核重点和目标； （ 4） 组织、 实施清洁生产审核并及时向领导汇报实施情况； （ 5） 收集和筛选清洁生产方案并组织实施； （ 6） 编写清洁生产审核报告； （ 7） 总结经验，制定企业持续清洁生产计划。
在确定好方案后，我们需要制定一个方案实施进度计划标准，对于资金筹备及落实、技术改进、设备考察订购及安装调试、车间清理准备、人员培训情况、试运行、验收等情况进行跟进。这阶段需要企业领导和审核小组在项目完成后进行跟踪分析, 总结取得的环境效益和经济效益, 以及实施农业清洁生产的经验, 并与实施前进行对比，
评估阶段编制审核重点的生产工艺流程图，详细标示出工艺系统的物料出入、产出产品、副产品、废水、废气、废渣、残液取向等等关系图。建立物料输入表、物料输出表、生产用水情况，废水、 废气、 固体废弃物排放情况汇总，建立物料平衡涂料和主要污染因子平衡图，分析污染物产生原因，为指导农业清洁生产方案提供科学的依据。