办公集装箱房屋设计需要注意做好防护措施：集装箱材料受本身金属结构物理特性的影响，热传导能力强，保温隔热性能差，使得室内热环境不稳定，需要另外设置保温隔热层才能有效控制室内热环境，并在南方地区需要对集装箱箱体进行遮阳处理以隔热，可以省去一笔能耗费用。
办公集装箱房屋设计需要注意它的使用寿命：集装箱在运输业中的寿命一般为 10-15 年，淘汰下来的未受损的集装箱箱体仍有良好的物理性能，一般还可以使用 15 年，如果保养较好，或者搭配混凝土等其他结构，可以更持久。
办公集装箱房屋设计需要注意保暖防寒问题。可以利用无毒陶瓷、保温层、双层屋顶等解决一部分问题，同时还要重建通风采暖系统。不以集装箱本身材质为诉求的建筑，可以重建表皮。