有机肥料环境污染是指有害物质进入环境，对人们的正常生活，身心健康产生不良影响的现象。产生环境污染的主要原因是有污染源的存在。污染源包括：公共厕所，垃圾站，化工厂，移动的汽车，火车，轮船，集贸市场，建筑工地，烟囱，高压输电线路，无线电发射塔，会产生有害物质的建筑材料等。
有机肥料废气污染 是指人类在生产和生活过程中排出的有毒有害的气体。特别是化工厂、钢铁厂、制药厂，以及炼焦厂和炼油厂等及人类生活所带来的生活废气的产生，排放的废气气味大，严重污染环境和影响人体健康。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。