纯水系统防止RO运行时高压泵的突然启停升压，产生对RO膜元件的高压冲击，形成水锤破坏RO膜。
纯水系统1)做好原水的预处理工作，保证SOI＜4，同时要加杀菌剂，防止微生物的滋生。2)在RO运行中要维持合适的工作压力，一般工作压力增加产水量也增大，但过大又会使膜压实。3)在RO运行中应保持浓水的絮流状态，减轻膜表面溶液的浓差极化，避免难溶盐在膜表面析出。4)在RO停运时，短期应进行加药冲洗，长期应加CH2O保护液进行保护。5)当RO产水明显减小或含盐量高时，表面结垢或污染，应进行化学清洗。
纯水系统纯水系统中常加的药剂为NaHSO3和阻垢剂，一般NaHSO3加药浓度为3ppm，阻垢剂如果没有经过设计软件计算，一般也以3ppm为宜。