企业按清洁生产审核的方法开展清洁生产审核工作，并纳入企业的日常生产经营管理工作，同时要与清洁生产的实施有机地结合起来，即企业的规章制度中是否已融入清洁生产的理念和相关规定。
清洁生产对产生的无／低费方案按照“三边”原则严格实施和总结入台帐，有记录有审核人。对中／高费方案要严格论证和审批，落实资金和实施部门及责任人，并结合企业的实际生产情况有方案、有实施办法、有项目负责人、有总结、建档案。
建立健全清洁生产台帐，有资料、制度文本、工作记录、统计、财务台帐（清洁生产）等。对审核重点要有可行性和实施性，目标确定要准确，要真实可靠有科学依据。