水库挖泥船稍作疏浚后，斗式清淤船以定位桩为中间部分呈扇形移动，穿过作用穿越系统。
水库挖泥船利用水的运动来挖掘、运输和转移水下土方。机械切割使水下土层松动，使泥砂和水相融，形成一定浓度的泥水混合物，由泥浆泵产生的真空吸出，通过输泥管道送到排泥场。在开挖过程中，根据铰刀和铰刀桥的重量，通过松开铰刀桥的电缆，将铰刀压在开挖的土层上方；在绞刀动力装置的驱动下，绞刀片进行连续旋转切割，使土层分离并与沟渠中的清水混合，产生含有切割块的泥水混合物。
水库挖泥船对于一些疏浚机械设备，特别是一些容易发生火灾和事故的矿山机械，要求使用耐火性好的润滑剂，不能使用可燃的白油。