安捷伦分子泵在加速时功率较大，内部发热比较严重，频繁的启停（两次启动间隔<30 分钟）会造成热量累积，使分子泵内部的温度过高，加剧轴承磨损
安捷伦分子泵是高速旋转的机械，轴承故障可能会造成泵叶片打碎直接报废；而当轴承工作状态不良时，会有一系列的现象，如分子泵无法启动，运行噪音增大，温度或功率异常增加等，在排除外界环境和进排气压力过高等外界因素后，应尽快停泵，送到维修中心进行检修。
安捷伦分子泵设计是免日常维护的。由于工艺环境差异，分子泵的工作寿命差别很大，但是如果分子泵已经工作了很长时间（5年以上），或者出现了噪音、温度、功率异常，及时的对其进行维护保养可以大大延长其使用寿命。