腐植酸肥料广泛应用于农林牧、石油、化工、建材、卫生、环保等各个领域，农业方面：与氮、磷、钾等元素结合制成的腐植酸类肥料，具有肥料增效、改良土壤、刺激作物生长、改善农产品质量等功能。畜牧业方面：用于鹿茸止血，硝基腐植酸尿素络合物作牛饲料添加剂也有良好的效果。工业方面：用于陶瓷泥料调整、锅炉防垢等。
腐植酸肥料可改善土壤物理特征，改良土壤团粒结构，减少土壤密实性，达到良好的状况；增加土壤的阳离子交换能力及保肥能力以吸附及交换植物营养，提高肥料缓效性，增加土壤的保肥保水能力；提供土壤有益微生物的活动；促进分解人造或天然的毒性物质及作用。
腐植酸肥料可改善土壤的物理特征，减少密实性，使其达到良好的状况。还可增加土壤的缓衡能力，中和ph值。合理使用还可提高作物的光合作用和吸收作用，提高抗旱，抗寒和抗病能力，使作物增产。