进入实质审查阶段的发明专利，在实审期间将对项目发明专利申请是否具有新颖性、创造性、实用性以及专利法规定的其它实质性条件进行审查。
经实质审查，认为不符合项目发明专利申请授权条件的或者存在各种缺陷的，将下发审查意见通知书，通知申请人在规定的时间内陈述意见或进行修改，逾期不答复的，申请被视为撤回，经多次答复申请仍不符合要求的，予以驳回。
项目发明专利申请从发出初审合格通知书起进入公布阶段，如果申请人没有提出提前公开的请求，要等到申请日起满18个月才进入公开准备程序。如果申请人请求提前公开的，则申请立即进入公开准备程序。