进入实质审查阶段的发明专利，在实审期间将对项目发明专利申报是否具有新颖性、创造性、实用性以及专利法规定的其它实质性条件进行审查。
经实质审查，认为不符合项目发明专利申报授权条件的或者存在各种缺陷的，将下发审查意见通知书，通知申请人在规定的时间内陈述意见或进行修改，逾期不答复的，申请被视为撤回，经多次答复申请仍不符合要求的，予以驳回。
项目发明专利申报文件的填写和撰写：专利申请文件的填写和撰写有特定的要求，申请人可以自行填写或撰写，也可以委托专利代理机构代为办理。尽管委托专利代理是非强制性的，但是考虑到精心撰写专利申请文件的重要性，以及审批程序的法律严谨性，对经验不多的申请人来说，委托专利代理是值得提倡的。