预评估阶段主要对企业闲置生产材料停止搜集，如生产工艺、原资料、用水、能源、产品材料、环保状况、车间生产本钱、人员培训等材料停止搜集整理。然后停止现场调查，绘制生产工艺流程图，肯定企业在生产过程中各种物料、资源能耗，并将污染物产生量停止理解和记载。之后经过理解相关先进企业的材料状况停止比照搜集肯定审核重点，从而设置农业清洁生产目的。
策划和组织阶段 （ 1） 制定农业清洁生产工作计划； （ 2） 开展宣传教育， 普及清洁生产知识； （ 3） 确定清洁生产审核重点和目标； （ 4） 组织、 实施清洁生产审核并及时向领导汇报实施情况； （ 5） 收集和筛选清洁生产方案并组织实施； （ 6） 编写清洁生产审核报告； （ 7） 总结经验，制定企业持续清洁生产计划。
评估阶段编制审核重点的生产工艺流程图，详细标示出工艺系统的物料出入、产出产品、副产品、废水、废气、废渣、残液取向等等关系图。建立物料输入表、物料输出表、生产用水情况，废水、 废气、 固体废弃物排放情况汇总，建立物料平衡涂料和主要污染因子平衡图，分析污染物产生原因，为指导农业清洁生产方案提供科学的依据。