医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。目前，我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
臭氧消毒是指以臭氧作为消毒剂的水处理技术。臭氧是一种强氧化剂，溶于水后，直接或利用反应中生成的大量经基自有基及新生态氧间接氧化水中的无机物、有机物，并进入细菌的细胞内氧化胞内有机物，从而达到杀菌消毒、净化水质的目的，与加氯消毒相比，臭氧消毒剂髦小、作用快、消毒效果更佳，同时可以改善水的口感和观感。
医疗污水预处理目前采用蕞多的就是臭氧消毒工艺，自臭氧消毒技术发明以来，经过多年实践验证，臭氧消毒已经应用到生活当中各个领域，空气净化，水处理，食品加工，医疗废水等。经过臭氧消毒设备处理过的废水可达到国家《医疗污染物综合排放标准预处理标准GB18466-2005》要求。