事业单位档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。
“如何进行事业单位档案整理呢：1、首先，准备整理档案的工具和材料，工具如图，材料主要有履历材料、教育培训情况、工作经历材料、奖惩材料。 2、审核要入档的材料，并按如下流程整理材料。 3、第三步，将要入档的材料规整好，编上页码，然后靠右打孔。 4、第四步，装入档案盒。将要入档的材料用分类角分类，并按照不同的类别规整转入档案盒。 5、第五步，为档案材料建立目录。目录可分大类和小类，并写好每份材料的页码。 6、档案要定期增加材料。如每年的绩效考核记录、奖惩记录、教育培训情况等等。 7、档案要存入独立且安全性好的房间，并委派专人管理。
“事业单位档案整理的基本要求 归档材料应当齐全、完整、优化 齐全是指门类齐全，不论是内容还是载体 完整是指归档的材料要完整、不缺损 优化是指仅在数量充分的基础上要求质量优化，具有特色 加强档案调查和指导 保持全宗不可分散性 加强档案工作的标准化“