冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
冷库管理系统功能介绍： 1、商品出入库管理：从出入库的预约、拣货/收货、出库/上架等全流程指引员工操作，并在出入库完成后，生成各种单据明细报表。2、WMS仓储管理：即库内业务具体流程与细节的管理，对库内商品的信息化，以及冷库的库区库位的可视化进行管理。3、业务报表：可生成多维度的数据报表，以及可视化图标，形成数据沙盘，供用户决策参考。4、财务管理：业务合同、收费标准、预付费、财务结算、收费明细等可通过财务管理完成。5、电商与供应链管理：满足用户进销存等多种需求。6、手持终端与移动端：PDA手持终端供员工使用，满足冷库日常作业需求，移动端供货主使用，便携查询预约。
冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。