水族馆维生深化设计改造中循环系统也是非常重要的，循环系统是维生系统的重要组成部分，主要有水泵、连接管材、阀门、砂缸组成。占地面积大小，管口的预留预埋、管路的安装顺序、选用水泵的流量、扬程、吸程、进出口口径、水泵的材质都是施工的重点。
水族馆维生深化设计改造要注意培养水及系统调整。全部整体工程完工后，整个循环系统需在无鱼条件下进行为期一个月的运转测试。需经测试证明，确认系统运转的各项指标达到设计标准的要求后，方可进行正式养殖。
水族馆维生深化设计改造过程中要注意造景和水池内管路布置。在各水池的建设工程完成后，要进行水池的防水工作，在造景的同时充分考虑到池内水管的布置以期达到好的流速、流向并减少死角等不利因素。