肠胃镜操作时，要合理地使用注气、注水及吸引按钮。在胃潴留 量较多且较污浊时，使用吸引器，应同时注气、注水，否则因连续吸引，胃内负压较大，污物逆流注气注水管道而引起堵塞现象。若注气注水按钮及吸引按钮不能顺滑地操作时，要进行清洗，再涂润滑油。
操作肠胃镜内镜的医师动作一定要轻柔，使用转钮时，不可用力过快、过猛。这样易使钢丝拉长，角钮失灵。
肠胃镜的水封瓶的准备与保养 用蒸馋水把水封瓶灌到三分之二 左右，拧紧瓶盖，水瓶安装在光源侧面的挂钩上，每天使用完毕，定要把水瓶内的水倒空并进行充分的干燥，以防发霉。