医院档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。
“如何如何整理档案资料 医院档案整理包括：区分全宗、全宗内档案分类、、案卷封面编目、案卷目录编制。 具体内容： (1)会计凭证类：反映资金牧付业务的原始凭证、记账凭证、汇总凭证及其他出纳凭证。 (2)财务报告类：包括月度、季度、年度的出纳报告、附注及文字说明，银行存款对账单应银行存款余额调节表，其他出纳报告。 (3)会计账簿类：现金日记账、银行存款日记账、其他货币资金明细账、辅助账簿及其他备查薄 [1] 。 (4)其他类：作为收付依据的合同、协议及其他文件;按规定应单独存放保管的重要票证单据，如作废的支票、作废的发o票存根联与发o票、作废的收据存根联与收据;出纳盘点表和出纳考核报告等。 (5)档案管理类：出纳档案移交清册、出纳档案保管清册以及出纳档案销毁清册。出纳人员对档案进行整理时，一般包括分类、装订和成册三个步骤。
“如何进行医院档案整理呢：1、首先，准备整理档案的工具和材料，工具如图，材料主要有履历材料、教育培训情况、工作经历材料、奖惩材料。 2、审核要入档的材料，并按如下流程整理材料。 3、第三步，将要入档的材料规整好，编上页码，然后靠右打孔。 4、第四步，装入档案盒。将要入档的材料用分类角分类，并按照不同的类别规整转入档案盒。 5、第五步，为档案材料建立目录。目录可分大类和小类，并写好每份材料的页码。 6、档案要定期增加材料。如每年的绩效考核记录、奖惩记录、教育培训情况等等。 7、档案要存入独立且安全性好的房间，并委派专人管理。“