黄腐酸有机肥是一种胶体性的有机物质，适合在种子萌发与苗期生长时使用，它有利于土壤疏松、保水防旱、养墒以及增强通透性，使土壤具有较好的水、气、热条件。黄腐酸有降低土壤盐浓度的作用，因为它的分子量比较小，活性比较高，可以有效吸附土壤中的有害离子。
黄腐酸有机肥减少土壤对磷的固定，起到解磷的作用。使土壤中难溶性磷转化为有效磷，促进农作物对磷的吸收。提高磷肥有效利用率，促进土壤中有机、无机磷的转化，增加磷在土壤中的移动距离，刺激作物根系发育。 ） 对钾肥增效作用表现在：黄腐酸有机肥能减少土壤中对钾的吸收固定，提高钾利用率。促进难溶性钾的释放，增加钾的数量，能够缓解钾肥对土壤和作物产生的不良影响，对改善作物品质有良好效果。
黄腐酸有机肥促进作物呼吸。当施入黄腐酸、腐植酸后，在作物上就能表现出：根系发达，次生根 增多的效果。我国农科院用硫酸铵和腐植酸铵做对比试验，数据显示，腐植酸铵可以使水稻 的呼吸强度提升18.2%，光和强度提高12.2%。防治低温冻害、死棵、沤根、根腐病、根肿病、枯萎、黄萎等土传病害，以及作物缺 素症引起的各种生理病害。