常见有气、水管路堵塞，或似堵非堵，而不畅通，应按原理分别进行检查。一般常见的有水、气同时不通，肠镜维修时可用细钢丝边通边送气，然后用送水的方法排除故障。但须注意，通后还要压扁喷嘴。
吸引管路不通多数是吸进了棉球、纱布条等异物。个别的是肠镜维修后使钳子管拧折堵塞而漏检造成的。必要时送维修中心解决。
不同型号的肠镜维修不同，弯曲角度的大小和方向也不相同，新出厂的镜子，均已按要求调好，当使用一个阶设，由于钢丝的伸长而使角度变小，造成诊断上的盲区，当术者感到不便而强行操作时，会拉断钢丝或使焊接点脱焊。这是个常见的故障。