机关档案整理的内容主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理。
“如何如何整理档案资料 机关档案整理包括：区分全宗、全宗内档案分类、、案卷封面编目、案卷目录编制。 具体内容： (1)会计凭证类：反映资金牧付业务的原始凭证、记账凭证、汇总凭证及其他出纳凭证。 (2)财务报告类：包括月度、季度、年度的出纳报告、附注及文字说明，银行存款对账单应银行存款余额调节表，其他出纳报告。 (3)会计账簿类：现金日记账、银行存款日记账、其他货币资金明细账、辅助账簿及其他备查薄 [1] 。 (4)其他类：作为收付依据的合同、协议及其他文件;按规定应单独存放保管的重要票证单据，如作废的支票、作废的发o票存根联与发o票、作废的收据存根联与收据;出纳盘点表和出纳考核报告等。 (5)档案管理类：出纳档案移交清册、出纳档案保管清册以及出纳档案销毁清册。出纳人员对档案进行整理时，一般包括分类、装订和成册三个步骤。
机关档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。