机关档案整理的内容主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理。
机关档案整理的意义：档案是人们社会实践的真实记录，也是dang和国家进行经济建设，开展政治文明、物质文明、精神文明建设，发展科学文化技术的必要条件。1、准确反映企业的成长历程；2、防患企业商业秘密外泄；3、决策制订的参谋和帮手；4、企业文化的活标本；5、企业宣传的资料库；6、员工成长的断代史。
机关档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。