钻孔制作难点：选用高TG、高速、高频、厚铜类特殊性板材，增多了钻孔粗糙度、钻孔毛刺和去钻污的难度系数。层数多，累计总铜厚和板厚，钻孔易断刀;密集BGA多，窄孔壁间距导致的CAF失效问题;因板厚很容易导致斜钻问题。
与传统的PCB电路板产品相比较，高多层PCB电路板具备板厚多、层数多、线条密集、通孔多、单元尺寸大、介质层薄等特性，对内部空间、层间对准、阻抗控制和可靠性要求比较高。
内部电路制作的难点：高层PCB电路板选用高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料，对内部电路制作和图形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信号传输的完整性增大了内部电路制造的难度系数。线宽和线间距小，开路和短路增多，短路增多，合格率低;