深圳冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
深圳冷库管理系统能够大幅度提高冷库的数据处理能力。企业在运营的过程中，总是会产生大量的数据，如何处理这些数据，并从数据中得到有价值的信息，对企业来说是一个不小的挑战。而在冷库管理系统中，由于条码/RFID技术的导入，通过数据自动识别采集，冷库内作业的数据都能够实时同步更新到系统中，系统还能利用其强大的数据处理能力，对这些数据信息进行分析，并形成相关的报表数据，为冷库企业提供数据支持。
深圳冷库管理系统具有策略功能，通过灵活设置出入库策略，可以实现智能出入库：如设置了先进先出的出库策略，在出库时，系统就会优先建议人员对先入库的商品进行出库操作，并显示该商品的所在位置；如设置了按ABC分类的上架策略，而在入库上架时，系统就会按照ABC分类原则，给出合适的上架库位建议。除此以外，考虑到租赁型冷库和第三方冷库的服务性，深圳冷库管理系统还实现了货主预约出入库功能。冷库的货主只需登录自己的系统账号进行出入库预约即可减少出入库等待时间。