三轴桩机就位后，要对钻机极其配套设备，进行检查，如卷扬机、钢丝绳、钻头、泥浆泵、水泵及电气设备等设备是否完好正常；钻机安设必须平稳、牢固，钻架应加设斜撑或缆风绳。钻机平台和作业平台，特别是水上钻机平台应搭设坚固牢靠，并满铺脚手板，设防护栏杆、走道。杂物及障碍物应及时清除。
三轴桩机进入施工现场的员工必须正规佩戴安全帽，禁止穿拖鞋或者光脚，在进行高空作业时2m以上（包括2m）必须系安全带，进行钢筋焊接时应遵守电焊作业安全操作规程，遇大风大雾天气应停止作业，当风速超过七级或有强台风警报时，应将桩机顺风向停置，并加设揽风绳，必要时将桩机放倒地面，桩机周围5米内应无高压线。与现场输出线路间的距离也应符合有关安全规定。
三轴桩机钻孔过程中，必须设有专人，按规定指标保持孔内水位的高度及泥浆的稠度，以防塌孔，钻孔使用的泥浆应设置泥浆循环净化系统，防止对环境的污染。